といった問題を抱えており、これらの問題を解決するために「遷都(首都そのものをクアラルンプールとは違う場所へ移転する)」案や「首都機能移転」案などが浮上しました。
最終的には、電子化政府を進めることなどが盛り込まれた ”マルチメディア・スーパー・コリドー(MSC)構想”の一環として、連邦政府機関のみをクアラルンプールから約25km離れたプトラジャヤへ移す「首都機能移転」が1990年代半ばに採択されました。
1999年より首相府の移転を皮切りに財務省や外務省など殆どの連邦政府機関の移転が行われ、現在は行政首都として機能しています。なお、クアラルンプールには王宮と国会のみ現在あります。
また、プトラジャヤは2001年2月にクアラルンプール、ラブアンについで3番目のマレーシア連邦政府が直接統治をしている地域(連邦管轄領)、連邦直轄領に指定されました。